Il y a bientôt 3 ans, j’écrivais un article où je bitchais sur les logiciels qu’on m’obligeait à utiliser pour travailler. Depuis que j’ai changé de job, je me retrouve dans un environnement différent, donc il est l’heure d’écrire le pendant positif de ce vieil article.
Pour cet article, j’ai choisi d’aborder 3 nouvelles utilisations de logiciels que je suis content d’avoir intégré et pour lesquelles je me dis souvent « Mais pourquoi je ne l’ai pas fait plus tôt ?!? » en maudissant mon moi du passé.
Zotero
Zotero, c’est un logiciel qui permet de gérer une bibliographie. C’est très important dans le domaine de la recherche, car on se retrouve souvent à lire des documents qui nous renseignent sur des méthodes, des résultats ou des idées liées au sujet sur lequel on travaille. Dans mon job précédent, je gérais ça manuellement, c’est-à-dire en stockant moi-même les articles en PDF dans des dossiers que j’arrangeais plus ou moins intelligemment, en rédigeant à part des notes de synthèse, et en générant moi-même les fichiers qui allaient être appelés par mon traitement de texte lors des phases de rédaction.
Zotero gère ça de manière totalement automatisée. En générale, à partir des identifiants du document (un numéro ISBN pour un livre ou un numéro DOI pour un article scientifique par exemple), Zotero récupère les méta-données (titre, nom des auteurs, etc.) pour créer une notice. Si l’on dispose du PDF associé, on peut l’ajouter à cette notice. Concrètement, ça signifie qu’il est stocké en local, mais si on a activé la synchronisation avec un serveur distant, ça signifie aussi qu’il est sauvegardé sur les serveurs de Zotero. Enfin, on peut également ajouter des notes et des tags aux documents pour pouvoir facilement les regrouper par catégories.
Quand je vois l’utilisation que j’en ai pour mon projet actuel, je repense à ce que je faisais avant. On m’avait proposé une formation sur Zotero, mais j’ai repoussé très tard son utilisation, et même une fois que je l’ai eue, j’ai estimé qu’il était trop tard pour basculer sur ce logiciel. Pourtant, lorsque j’y repense, je me dis que ma bibliographie aurait été beaucoup plus ordonnée, et toutes ces phases de lecture ne m’auraient peut-être pas autant rebutées.
Python et Anaconda
Mes ami.es le savent et j’en avais déjà parlé dans l’article original, je suis un grand fan de Matlab. C’est un outil très complet qui, comme je le disais déjà à l’époque, simplifie grandement le travail scientifique en proposant un langage de programmation simple qui permet de se concentrer sur la science et non sur l’informatique. Cependant, Matlab a ce gros désavantage qu’il est développé par une entreprise privée, il est donc payant et souvent bridé (selon les toolboxes que l’on achète), ce qui ne facilite pas le partage du code.
Dans mon entreprise actuelle, il y a des licences Matlab, mais c’est si cher qu’il y en a peu et que tout le monde se bat pour les utiliser. De ce fait, j’ai vite été encouragé à utiliser Python. Et quelle grande révélation ! Le langage est très simple à utiliser, et la bascule se fait d’autant plus facilement lorsqu’on connaît Matlab. Et comme avec Matlab, des toolboxes peuvent également être ajoutées à partir de gestionnaire de packets comme Anaconda. Certains modules sont d’ailleurs reconnus comme référence et permettent de retrouver une manière de travailler comme je le faisais avec Matlab.
Python m’aurait beaucoup aidé dans mon job précédent. Il m’aurait notamment permis de faciliter le transfert de mes scripts en fin de contrat car l’entreprise partenaire travaille principalement avec Python (même s’ils avaient réussi à me trouver une licence Matlab). Cependant, il n’aurait pas tout résolu non-plus car j’ai utilisé des toolbox Matlab très spécifiques pour lesquelles il aurait été compliqué de trouver un équivalent Python reconnu par mes encadrants. C’est là qu’on voit les habitudes de travail historiques de chaque structure.
Git
Et là, on arrive sur ce qui m’a le plus « mindblown » ces dernières semaines : Git. Git est un logiciel qui gère les versions des fichiers d’un projet. L’idée est de garder une trace des modifications pour pouvoir revenir à un état stable ou pour tester de nouvelles fonctionnalités sans perturber cet état stable. J’avais entendu parler de Git en discutant avec un collègue qui me disait qu’il gérait tous ses travaux de thèse avec. On en avait discuté rapidement, ça avait mis une graine dans ma tête, mais sans plus.
Lorsque mon entreprise actuelle m’a dit qu’il y avait des serveurs Git disponibles, j’ai vite sauté sur l’occasion. Grâce à des amis dans l’informatique, j’ai pu avoir une formation pratique qui m’a permis de comprendre les concepts de base, et après j’ai passé plein de temps dans la documentation pour approfondir ma compréhension. Et je suis devenu le premier membre du projet à utiliser activement Git sur le serveur du projet.
Là, on touche probablement au logiciel que j’aurais le plus aimé avoir durant mon job précédent. Combien de résultats ai-je perdus car j’ai ré-écrit les fichiers sources sans garder une trace des modifications, et donc sans pouvoir revenir en arrière lorsque les résultats étaient moins bons ? Heureusement, dans la deuxième partie de mon contrat, j’ai changé d’équipe pour en intégrer une qui utilisait un système similaire, mais j’aurais vraiment aimé pouvoir l’utiliser sur ma station de travail personnelle ! D’autant plus que ça aurait servi pour mes fichiers de calcul, mes scripts, mais aussi mes rapports !
Conclusion
En résumé, je suis très content d’avoir changé d’environnement pour me retrouver dans un où on a les bons outils à disposition. À noter que ces outils ne sont pas payants (ou en tout cas, pas dans leur formule de base), donc il n’y avait pas de frein théorique pour les utiliser à l’époque, c’était uniquement lié à des habitudes de travail de ma part et de mon environnement. Du coup, je suis content d’en avoir pris de nouvelles car je pense qu’elles sont meilleures.
Ceci dit, comme toujours, un outil reste un outil. Ce n’est pas parce que j’utilise un outil plus adapté que ça change mes compétences propres. Si l’on maîtrise son sujet, on est capable d’avancer même si on n’a pas les meilleurs outils. Par contre, les avoir permets d’éviter les « non-problèmes » dont je parlais dans l’article précédent. Maintenant, si je me prends la tête, c’est surtout pour essayer de comprendre un blocage scientifique et plus un blocage technique.
Donc si vous lisez ces lignes et que vous n’utilisez pas déjà ces outils, n’hésitez pas à vous renseigner car ils pourraient grandement vous aider !
Laisser un commentaire